然而,像其他任何事物一樣,證券投資基金也不是一種十全十美的投資方式,也有其自身的局限性。這主要表現在以下幾個方面：

第一,證券投資基金是一種間接性投資工具,人們投資于基金,就等于失去了直接參與證券投資和其他行業投資的機會,雖然省去了不少精力和麻煩,且總體回報也較有保障,但短期收益有可能會比直接投資所獲得的回報低。

第二,證券投資基金可以分散投資,降低風險,但不能完全消除風險。這是因為,在市場經濟條件下,任何投資活動和投資行為都要承擔一定的風險。風險大、收益高；風險小,收益也少。證券投資基金的風險可能來自于政治和經濟、政策或法令的變更等外在因素,也可能來自于管理人的管理不善等內在因素。但是,由于證券投資基金是一種間接性的投資工具,因而基金的風險也主要是間接性風險。但無論如何,投資者還是應該對證券投資基金的風險有明確的認識,以增強承受風險的心理能力。

第三,在股市出現空頭、行情看淡時,證券投資基金的表現可能比股市還差；而股市看好時,如證券投資基金持股太低,其獲利反而不如投資股票。這是因為按法令或政策規定,證券投資基金必須把投資目標和策略登載在公開說明書上,并據以執行投資。如果基金經理做較大的更改來保護基金資產,可能會違反既定的策略。因此,他們通常也只能力求把損失減少到最低程度。當投資基金收益偏低時,許多基金經理不愿將大部分股票換成現金；而即使把股票換成現金有時也很冒險,特別是當這些股票是冷門股或交易量很大時。上述這些情況在一定程度上限制了投資基金操作的靈活性。

第四,證券投資基金只宜作中長線投資,而不宜做短線炒賣。投資者如果頻繁買賣基金,所支付的手續費可能會較高,從而增加了投資成本。

盡管證券投資基金存在著上述種種局限,但與其諸多優勢相比,權衡利弊,仍值得大力推廣。20世紀90年代初,美國已有1萬多億美元投資于共同基金,大約每4戶人家就有1戶投資于共同基金,共同基金在美國已成為最普遍、發展最為迅速的投資工具。我國的投資基金發展起步較晚,但是短短幾年中基金業務已經取得了很大進步,在我國建立和完善社會主義市場經濟體制的新形勢下,基金在我國將會有巨大的發展潛力和廣闊的前景。